הרבה גורמים עלולים להפריע למערכת לפעול בצורה תקינה: מבנה לקוי של מערכות הלעיסה (מולד או נרכש), טראומה , הרגלים מזיקים (למשל: חריקת שיניים) ,דלקות למיניהן ולעיתים נדירות – גידולים. מתוך האוכלוסייה הסובלת מהפרעות אלה רק כ 7% זקוקים לטיפול בבעיה. היתר סיגלו לעצמם הרגלים מתקנים כדי שיוכלו להמשיך וללעוס ביעילות ובעצם מצאו 'פתרון לבעיה'. לפי מחקרים, הפרעות בתפקוד הלעיסה מושפעות באופן ישיר ממצב נפשי (דיכאון, חרדה, לחץ). את רוב המקרים מגלה רופא השיניים תוך כדי בדיקה שגרתית, אך טיפול יידרש רק כשההפרעה מונעת תפקוד תקין ולעיסה יעילה. תלונות על כאבים באזור הרקה או הלחי כשאנו פותחים את הפה לצורך לעיסה יכול להוות סימן למתח בשריר הלעיסה. טיפול אפשרי יכול להיות חימום האזור הכואב כדי לשחרר מעט את השרירים, וכשהבעיה קשה יותר ניתן לטפל בתרופות נוגדות כאב ודלקת ובהרפיית השרירים.
כאשר אובחנה שחיקת שיניים או הידוק שיניים (תופעות המאופיינות במצב שינה ואינה רצונית), יספק רופא השיניים למטופל "סד לילה" – כיסוי פלסטי המותאם בצורה מדויקת לשיניים ויוצר הפרדה בין השיניים בלסת העליונה והתחתונה. התועלת שבסד לילה בנוסף להפסקת שחיקת השיניים היא ביכולת של שרירי הלעיסה להישאר רפויים בזמן השינה. במקרים קשים יופנה המטופל לביצוע צילומים שיאפיינו את מקור הבעיה ואם יש צורך הוא יופנה למנתח פה ולסת.